ペルソナ センチュリー コーポレーションは、地球上のほぼすべての土地を購入しました。企業内での意見の相違は容認されず、ペルソナに反対する者には迅速に対処します。まだペルソナの支配下にない数少ない場所のひとつが、「東京のダークサイド」としても知られる自由な街、歌舞伎町です。町内には、マイという女性の指導の下、メサイアと呼ばれる小さな抵抗グループがあります。歌舞伎町のあだ名「ダークサイド」を名乗る男がこの世界に足を踏み入れる。 18 年前にペルソナ センチュリーによって別の次元に封印されたダークサイドは、再生という独特の神秘的な力を使ってメサイアを助けるために戻ってきました。