TRIGUN STAMPEDEの続編シーズン。
都市全体を破壊し、地球全体を混乱に巻き込んだロスト・ジュライの悲劇から 2 年半が経ちました。現在上級ジャーナリストとなったメリルは、新しい年下の相棒ミリーとともにヴァッシュの捜索を続けているが、その途中でウルフウッドに遭遇する。工場強盗が再び起こり始めると、彼らはミリオンズ・ナイフの組織が裏で共謀していることに気づきました。
一方、ヴァッシュはエリックスという新しい名前を名乗り、辺境の町で隠れて暮らしていたが、故郷と呼ぶ3隻目の船からSOSを持った少女ジェシカが突然訪ねてくる。こうして彼は、大切な人たちを守るために、長年にわたる確執に終止符を打つことを決意する。
物語の断片が再び元に戻り始めたそのとき、地球は宇宙の彼方からメッセージを受け取ります。「私たちは地球からの植民地船の艦隊です...希望する人は私たちを新しいフロンティアに連れて行ってください。」国民全員がこのニュースを聞いて大喜びです。しかし、彼らの祝賀をあざ笑うかのように、片翼の天使が再び現れ、大混乱と絶望をもたらす。パニックに陥った惑星に最終結論を下すために、運命が衝突する。